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一个月时间悄然而逝，这段时间慕容复除了陪伴众女和处理燕子坞积压的诸多琐事外，又将慕容家麾下的大小势力重新梳理了一遍，并做出极大的变动，像一些职司分工不是很明确的组织，比如凌霄阁，将其细分明确化，一些职能有重复的，比如血影殿和水晶宫的情报部分，便将其剔除简化。
此外，他还特别成立了两个新部门，一个是军机阁，主要成员由慕容家麾下各军、各部的首领人物兼任，普通成员来自慕容家这些年培养或拉拢的精英、幕僚、军师谋士，军机阁的职司是专门负责制定战时作战方案、重大战略决策、兵力调度等。
说白了这就跟历史上雍正搞出来的“军机处”差不多，只不过军机阁的权力没有军机处那么大，但功能仍在，这样做的好处在于群策群力，大大提高办事效率，而且不会出现什么重大失误。
为此他还将吴薇从襄阳城调回来，让她充任军机阁的元老之一。
第二个新部门叫做后勤部，总管战时物资分配、运转、粮草补给等问题，只要在战争时期，慕容家的一切资源都归后勤部统一调度。
这两个部门是慕容复苦思冥想之下想出来的，它们除了以上所说的功能外，最大的作用其实是平衡邓百川和包不同这二人的权力。
他并不是不信任二人，也没有过河拆桥的意思，只是这二人一个掌军，一个掌财，等于时时刻刻攥着慕容家的命脉，也攥着他慕容复的命脉，凡事未雨绸缪总没有错，当一个人动一动念头就能决定别人生死的时候，没有人能料到他下一刻会做什么。
至少慕容复绝不会把自己的命脉交到别人手上。
值得一提的是，邓百川和包不同接到命令后的反应都一模一样，先一阵沉默，然后苦笑连连，最后表示会全力支持，就这样新部门的建立很快提上日程，各方面进展都十分顺利。
