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但是，在国家的治理中，韩非则明显突出法的重要性，以法制引导君主权势的规范运行，君主必须依靠法进行治理，极力劝谏君主以法为本，强调法是君臣关系的保证，坚持以法作为行为的至高标准，这其实是另一层次上对君主权力和君臣关系的规范和约束。
秦始皇在法家思想传统的影响下，明确宣扬“事皆决于法”，表现出秦法严整、井然有序的状态，使得秦法推行以雷霆之势席卷六国，实现了“海内为郡县，法令由一统”的卓越成就。
然而，秦始皇对于君主权势的迷恋和过度紧张，实际上却逐渐演变为“天下之事无小大皆决于上”，秦始皇力求由自己掌控帝国上下，而没有遵行韩非所主张的那样，政由君出、事由臣劳、举措皆轨于法的理想状态。
依赖自身权势和主观智虑，这本身便是对《难势》篇所要强调的法、势互补理论的破坏，更是对法家思想治国精髓的破坏，因而绝不能将其归为是韩非君主极权倾向所导致的恶果。
韩非所主张的是法有为、君无为、依法而治。君主的使命是确保法的有序运行和强力执行，“决于法”才是君主权力运行的规范和保障，如此才能避免君主好恶以及大臣背公询私，以致国家混乱。
然而，秦始皇则坚持极端的强权威势主义，大权独揽的同时又独断专行，并未以君势支撑法治运行，而是单向性的以“术、势”强化君权，最终的结果必然形成事无巨细“皆决于上”的极权政治。
此外在刑法上也有诸多不同。
再者在农商上，韩非思想里的“重农”和“抑商”是一体两面的，“农商”是不可两存的矛盾两面，然而秦始皇施政中却与之不同，有“农商并举”倾向，彰显商贾富家之事，见于史籍者颇多。
韩非认为商人不是生产，于国无益，因而主张重农本、抑工商，贬低“商、工、游食”群体的社会地位，从而迫使其安心农本。
但从秦始皇在刻石中“治道运行，诸产得宜，皆有法式”所宣扬的内容来看，“诸产得宜”表明秦始皇并未照搬法家战争时期的主张，而是了解手工业、商业对社会经济的重要作用，在“重农”的基础上，调整法家绝对打击工商的经济政策。
