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最早记载伏羲的是出于战国中晚期的《庄子》，然庄子此公好古，“著书十馀万言，大抵率寓言也”。所言伏羲，亦虚亦实，亦神亦人，大都是托名设譬，借以形象说理，未可当作信史。《庄子》中关于伏羲的记载有5处，2处出于“内篇”，3处出于“外篇”。在“内篇”与“外篇”中，伏羲在古帝中的排位有所不同。属于“内篇”的《庄子-人间世》：“是万物所化也，禹、舜应物之所纽也，伏羲、几蘧之所行终，而况散焉者乎！”庄子在这里将伏羲列在禹、舜之后。《庄子-大宗师》：“夫道，有情有信，无为无形……狶韦氏得之，以挈天地；伏戏氏得之，以袭地母；维斗得之，终古不忒；日月得之，终古不息；堪坏得之，以袭昆仑；冯夷得之，以游大川；肩吾得之，以处大山；黄帝得之，以登云天；颛顼得之，以处玄宫。”这里是说“道”体无形、功用无限，狶韦氏运用“道”来整顿天地，伏羲氏运用“道”来调和元气。此段人神相杂，星月并现，十分混乱，《庄子》的许多注家疑为后人添加。我认为指其为后人添加则未必，但起码说明伏羲在这里尚未从神话脱形为人祖。
《庄子》“外篇”学术界历来认为是战国末或秦汉时期庄子后学所增益，不出于庄子之手，时代晚出。《庄子-胠箧》：“子独不知至德之世乎？昔者容成氏、大庭氏、伯皇氏、中央氏、栗陆氏、骊畜氏、轩辕氏、赫胥氏、尊卢氏、祝融氏、伏犠氏、神农氏，当是时也，民结绳而用之，甘其食，美其服，乐其俗，安其居，邻国相望，鸡狗之音相闻，民至老死而不相往来。”伏羲位列轩辕黄帝之后，神农之前。《庄子-缮性》：“逮德下衰，及燧人、伏羲始为天下，是故顺而不一；德又下衰，及神农、黄帝始为天下，是故安而不顺。”《庄子-田子方》：“古之真人，知者不得说，美人不得滥，盗人不得窃，伏戏、黄帝不得友。”在这两段中，伏羲在古帝中的排位，颇近于后世所列。
《庄子》一书之中，伏羲名号有三种写法，或记为“伏羲”、或记为“伏犠”、“伏戏”，前后不统一；身份混乱，或人或神；在古帝王中序列不定，或在禹、舜、黄帝之后，或在其前，地位渐次升高。这说明在庄子时期，伏羲尚在传说时期、创造过程中，是一个不确定的、尚未定型的人物。
《庄子》之后的典籍，如《管子》、《荀子》、《商君书》诸书所记伏羲，或为由《庄子》移入，或为秦汉所掺。《易-系辞》托名孔子所作，其实大部分为秦汉间人所撰。《系辞下》记载伏羲功业最著：“古者包牺氏之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地。观鸟兽之文与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情。作结绳而为网罟，以佃以渔，盖取诸离。包牺氏没，神农氏作，……神农氏没，黄帝尧舜氏作，通其变，使民不倦，神而化之，使民宜之。”这段话影响甚大，但叙述伏羲功业如此全面系统，当出于秦汉年间，不会早于《庄子》。
《史记》从黄帝记起，不为伏羲作传，所记伏羲有两处，均系引前人所言。《太史公自序》：“余闻之先人曰：‘伏羲至纯厚，作《易》八卦’。”《封禅书》中借管仲言：“昔无怀氏封泰山，禅云云；虑羲封泰山，禅云云；神农封泰山，禅云云；黄帝封泰山，禅云云。”司马迁治史严谨，由于当时对伏羲传说语多谶误，难以辨识，虽不否认，但记之存疑。
东汉班固《汉书》突破《史记》的界限，将上古帝王从黄帝推至伏羲，至此，伏羲开始登上官定正史。《汉书-律历志》引刘歆《世经》言：“庖牺继天而王，为百王先。首德始于木，故帝为太昊。”（详见下析）《汉书-古今人表》中首叙伏羲，次列炎、黄，以伏羲为历史源头，认为伏羲氏“继天而王”，因而他是百王之先，而炎、黄诸帝继伏羲而王。《白虎通义》言：“三皇者何谓也，伏羲、女娲、神农是也。”把伏羲推到三皇之首、百王之先的地位。
晋代皇甫谧所著《帝王世纪》，是一部专述帝王世系、年代及事迹的史书，所叙上起三皇，下迄汉魏。三皇首列伏羲，言伏羲功业：“继天而王”、“作八卦”、“造书契”、“作瑟三十六弦”、“制嫁娶之礼”、“取牺牲以供庖厨”等。我们注意到，皇甫谧说：“女娲氏……承庖牺制度。……及女娲氏没，次有大庭氏、柏皇氏、中央氏、栗陆氏、骊连氏、赫胥氏、尊卢氏、浑混氏、昊英氏、有巢氏、朱襄氏、葛天氏、阴康氏、无怀氏，凡十五世，皆袭庖牺之号。”他一方面把伏羲当作一个古帝，另一方面将《庄子》中提到的一些名称统统纳入伏羲名下，“皆袭庖牺之号”，其实是把伏羲当成一个时代，这样，伏羲的赫赫功业，就未必是一人所创。（注：由于象形文字出现在铜石并用时代，造字者乃黄帝轩辕氏的助手仓颉，故伏羲在新石器时代早期“造书契”的说法立据不足。）
其后唐高祖《修六代史诏》和唐太宗《修晋书诏》均以伏羲为中华文化的肇始者，所谓“伏羲以降，因秦斯及，两汉继绪，三国并命，迄于晋宋，载笔备焉”。至唐开元年间，司马贞为《史记》补写《三皇本纪》，综述、补充前世有关伏羲的文献材料，成一篇较为完备的史传。至此，伏羲在历史古代典籍中历史化的过程全部完成。
统上所述，在传世文献典籍中，关于伏羲的记载是在战国中晚期以后从《庄子》开始出现并逐渐载入正史的。春秋以前典籍未见伏羲。战国以至秦汉，时代越往后，关于伏羲的记载越详细，伏羲功业越卓勋，在古帝王世系中的地位越高。这说明，在传世的古代典籍中，伏羲经历了一个从无到有，从神到帝，对伏羲的记载从凌乱到系统的衍化过程。
二、原始神话中作为创世神的伏羲
