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随着宇宙裂痕的修复，林逸和艾琳娜在守护者的赞誉中成为了宇宙的传奇人物。然而，他们心中清楚，真正的威胁并未完全消除。卡尔背后的组织仍旧在暗处蠢蠢欲动，对“时空源晶”和“宇宙之心”的渴望让他们的黑暗计划更加迫切。
在赛菲罗斯星球稍作休整后，林逸和艾琳娜决定深入调查卡尔背后的组织，找出他们的真正目的，并阻止他们的阴谋。他们首先前往了艾琳娜的组织曾经的一个秘密基地，希望在那里找到一些线索。
秘密基地隐藏在一颗荒凉的小行星内部，这里曾经是艾琳娜组织的信息收集中心。然而，当他们抵达时，却发现基地已经被彻底摧毁，所有资料都被清空。显然，有人比他们更早一步到达了这里。
在废墟中，林逸发现了一些残存的能量波动，这些波动与卡尔的战舰能量波动相似。他利用“时空源晶”的力量，追踪到了这些能量的来源，发现它们指向了一个遥远的星域，那里是卡尔组织的大本营所在。
林逸和艾琳娜立即启程前往那个星域，他们知道，时间紧迫，必须尽快行动。在前往的途中，他们遭遇了卡尔组织的巡逻舰队。一场激烈的太空战斗随即展开。
依靠“星际穿梭号”的强大防御和林逸对时空之力的精妙操控，他们成功地躲避了一次次攻击，并反击击毁了数艘敌舰。然而，敌人的数量太多，他们不得不采取策略，利用附近的小行星群进行隐蔽，躲避追捕。
在小行星群中，他们意外发现了一个隐藏的信号源，这个信号源似乎在发送某种加密的信息。艾琳娜利用自已的技术破解了信号，发现这是卡尔组织内部的通讯信号，内容涉及到一个名为“黑暗之心”的神秘计划。
通过进一步的分析，他们得知“黑暗之心”计划是卡尔组织为了掌控宇宙而制定的终极计划。该计划的核心是利用一种名为“暗物质”的特殊物质，这种物质具有强大的破坏力，可以扭曲时空，甚至吞噬整个星系。
