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境内大山顶、石灰窑、太山庙一带，呈小型高原地貌分布。
恩施县境内植物资源常见的有50科、163属、309种，国家重点保护的珍稀树种有银杏、珙桐、鹅掌楸、红豆杉、金钱松、穗花杉、粗齿红山茶等13种；野生动物资源主要有兽类、鸟类、鱼类和两栖类动物共40目、121科、585种，其中属国家重点保护的有黄喉貂、穿山甲、大灵猫、白猸、斑羚、林麝等12种。
恩施市境内探明矿产资源39种，产地103处，主要品种有硒矿、铁矿、煤矿、黄铁矿、石灰岩、白云岩、硅石、大理石、耐火粘土、钡、钼、铜、锌、铝、磷、水晶等。
这里也被称为“世界硒都”。
恩施县境内的硒矿和含硒石煤资源，富集在二叠纪含硅碳质页岩中，且富含硒、钒、钼等元素组合。
后世有名的双河渔塘坝硒矿区就位于恩施县东南73公里的地方，是后世勘查的一个规模可观的独立硒矿床。
该矿床的发现和勘查，填补了全世界无独立硒矿床的空白……
恩施县蕴藏着丰富的硒资源，富硒碳质页岩出露面积约850平方千米，储量高达25亿吨，最高含硒超过8000毫克/千克。
受富硒岩层影响形成的大片富硒区域内，粮食、油料、中草药、饲草饲料、畜禽产品及矿泉水中。
硒是人体必需的微量元素。中国营养学会也将硒列为人体必需的15种营养素之一，国内外大量临床实验明，人体缺硒可引起某些重要器官的功能失调，导致许多严重疾病发生，全世界40多个国家处于缺硒地区，中国22个省份的几亿人口都处于缺硒或低硒地带，这些地区的人口肿瘤、肝病、心血管疾病等发病率很高。
