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明朝军事制度主要有两种，一个是卫所制，一个是募兵制。
卫所制即在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫所军队中大抵5600人为一卫，1120人为一所，一般每卫设左、右、中、前、后5个千户所；120人为一个百户所，百户所设总旗2个（每总旗辖50人）、小旗10个（每小旗辖10人）。
此外，还有一种单独驻扎一个地方，直接归都指挥使司管辖指挥的千户所，叫做守御千户所；还有一种称为“御”（设置数量不多）的军事机构，管2到3个千户所。
各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所，军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。
其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后由于社会稳定，相对和平，卫所军官开始侵占军田，剥削士兵，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。
募兵制始于正统年间，和卫所军不同，募兵不世袭，虽然为兵，但隶属于民籍。
服役期满即退伍，最开始，募兵没有像卫所军那样拥有正式编制，而且往往随着需求扩编或裁员，募兵完全是战斗部队，不像卫所兵那样需要抽调部分兵员从事屯田任务。
募兵的粮食补给，军饷完全来自国家财政直接支出，不用来自屯田所获，而且饷银也比卫所军和民壮要高。
到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制，一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营，每营兵员3000人，这是南方明军的营哨编制。
北方稍有变动，但大体相当，如戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。
