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《木叶英雄》一书的开头先是简单的介绍了主人公木叶英雄丸的出身，和作为舞台背景的木叶忍村。
然后在主人公半夜一个人睡觉的时候一个头脸蒙得严严实实的神秘忍者独自出现在主人公的面前。
神秘的忍者唤醒了主人公，并且有选择的向他揭露了一部分关于他的被木叶忍村高层刻意隐瞒的事实。
说完神秘的忍者就消失的无影无踪，主人公独自沉思到天明，然后决定去查证这一切是不是真的！
故事由此展开。
首先是作为主人公队长和指导上忍的旗木卡卡西支支吾吾的不肯说实话，被问的急了就找借口逃跑了。
这里的旗木卡卡西使用的名字和形象也是和真人完全相同的。
意识到神秘忍者告诉自己的一切很有可能是真实的，主人公加大了对真相的追寻力度。
然后作为反派的志村团藏就率领着根部忍者出场了，他们极尽威逼利诱之手段全力阻止主人公从木叶忍村的其他人那里询问真相。
得知主人公在竭尽全力的追查当年的真相，很多人出于自身的立场都动了其他的心思，然后作为主人公曾经在木叶忍村忍者学校老师之一的水木老师出现了。
