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欠下血债的西殖民当局十分恐惧明朝的报复，西班牙人清楚，刚刚在朝鲜打败日寇的明军很强，就这样，西菲当局在无尽的恐惧中等待天子雷霆，整个马尼拉被绝望与惨淡笼罩。1604年，一些富人终于忍受不了这样的生活，举家迁离马尼拉前往墨西哥。
为挽回政局，西班牙驻菲总督采取紧急措施：一方面归还部分财产给华侨商人，让幸存者写信回国内，希望以此洗白罪行。另一方面派特使奎瓦携函赴华，刺探中国对菲律宾屠华事件的反应。奎瓦抵达澳门后与经常往来漳州、澳门、马尼拉三地的中国商人会见，并了解到万历帝已获悉屠华事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。
事实也确实如此，朝廷仅仅出了份《谕吕宋檄》，让一名中国商船的船主带到马尼拉交给西菲当局和教会。檄文宣布对西班牙人不忍加诛，对其海外戕杀姑不穷治。
全部要求归结为放还被禁商民和被劫财物。‘若前（屠杀）事讹传未有兵革，投款效顺，商舶往来交贸如故；若果有嫌恨，已相仇杀，可将该岛所有漳泉遗民子孙追敛各夷劫去财货，资送还郡，白此商舶交易仍听往来如故。’最后要求西班牙方面‘当思皇帝浩荡之恩，中国仁义之大。’
有人认为明廷发《谕吕宋檄》所作交涉只是例行公事、官样文章，一直被后人叱骂。但其实当时这种做法也是不得已，在菲律宾屠华前，大明王朝刚进行万历三大征，对国家财政损耗极大。而菲律宾处在南海之端，出动水师远征更是要花银子，大明朝实在是没有钱兴兵讨伐。
大明的宽容却使得西班牙殖民者对在菲华侨的欺压有恃无恐，绝境中的华侨苦不堪言。1639年明崇祯十二年，不堪迫害的在菲华侨再次起义，这次坚持可近4个月。起义失败后华侨再次遭到有组织的杀戮。
1657年，得知菲华侨悲惨处境的郑成功下令中国商人不得与西菲当局开展贸易，否则格杀勿论。在攻下台湾后，郑成功便派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨罪行，严令其改邪归正，否则将出兵攻取菲律宾。
面对郑成功的威胁，西菲当局反而进行了对华侨的第三次集体屠杀。这次种族绝灭式的大屠杀中究竟有多少华侨遇害说法不一。《明史》说是两万五千人；福建巡抚说是三万多人；郑成功闻讯大怒，集结军队筹备粮饷准备征讨菲律宾。菲律宾岛上再度风声鹤唳人人自危，那时候荷兰的崛起也正威胁西班牙人在菲律宾的统治，西殖民当局感到回天乏术着手准备撤离。只可惜郑成功尚未出兵就出现内乱，不久后病逝。其子郑经也曾二度准备出兵征伐马尼拉，因种种原因未能成行，不能不说这是历史一大遗憾！
