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收储大量的粮食，保证粮食价格相对稳定，军储充足，同时推广大明的医疗体系，在京师和南京的医院基础上，扩大两京太医院招收医学生员的规模，在南直隶的苏松常镇四府，北直隶的河间、保定、天津、真定四府也开设医院，以优惠的价格保障百姓的身体，进行防疫研究。
为了体现朱载坖对于医学的重视，朱载坖下诏，仿前宋之制，升太医院为翰林医官院，太医院使也升为翰林医官使，秩正三品，与军器监平级。
而倭国朝廷的回复奏疏和徐渭的奏疏也抵达了京师，对于倭国朝廷的回复奏疏，朱载坖御批了四个字，避重就轻，倭国朝廷的这份奏疏，看似态度温顺，向盗卖那个低头认错，但是对于大明所关心的问题，实则是避而不谈，他虽然在极力解释倭国伪天皇名号的来源，声称是倭国一直以来相沿承袭的称号，但是对于应该怎么解决这个问题，倭国朝廷是采取了避而不谈的态度，这就令朱载坖极为愤怒了。
朱载坖将倭国的奏疏和徐渭的奏疏都下部议，同时要求翰林院批驳倭国朝廷的奏疏，尤其是其有关僭越的事情，一定要坐实其僭越。
很快翰林院就回奏朱载坖，翰林院经过详细的考证之后，证明了倭国所谓最早出现天皇称谓的天武天皇制定的《飞鸟净御原令》实际是是在唐高宗天皇大圣大弘孝皇帝咸亨四年所发布了，可见倭国分明就是僭越，绝不是所谓倭国自古以来的称号，而是其有意僭越唐高宗的称号。
朱载坖将翰林院的结论也下部议，同时召集部院大臣、参赞军务大臣等一道商量有关倭国的事情，对于徐渭的奏疏，大臣们都表示要尽快安排，毕竟佐渡岛上有数以千万两计的金银，必须要迅速予以开发，以解大明朝廷的财政问题。
但是要迁移大量的百姓，还有保障他们的生产，同时还要增调援军，转运粮秣、军械等事，对于大明现在的海运能力来说，实在是太过于困难了，虽然朝廷已经紧急命令各个船厂为朝廷生产大型运输船，但是现在朝廷的运力仍然是非常紧张的，大量的官军还在朝鲜等待运往倭国呢。
