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而且朱载坖是准备以军推民，先分设军镇，然后在推动析分南直隶和湖广两个大省，朱载坖在和练兵军务处商量后，决定在南直隶设立两镇，即南京镇和安徽镇，南京镇负责应天府、镇江府、常州府、苏州府、松江府、扬州府、淮安府、南通州的防务，而安徽镇则负责安庆府、徽州府等南直隶其他州府的防务。
而在湖广则设立武昌镇和长沙镇两镇，分别负责湖南、湖北的防务。
不仅仅对于北部边防要予以重视，对于大明的西南，尤其是缅甸也是朱载坖关心的，随着李时珍在当地建立了较为完备的医疗体系，同时朝廷对于当地的河道整治也有了一定的效果，应中南总督南京兵部尚书殷正茂的请求，朱载坖决定再次向缅甸移民，招募云贵、广西、福建等省的无地百姓，发给种子、农业、安家银两等，迁移到缅甸去，开发缅甸土地。
同时增加缅甸的卫所，防备西夷和安南，将缅甸的卫所增加到十二个，同时设立安南镇和缅甸镇两镇，加上缅甸水师，缅甸一共有三镇官军，不过缅甸的官军配置和北方不同，骑兵较少，步兵增加，火器的比例更高。
除了这些事情之后，就是高拱在河南考察藩王土地的奏疏，高拱经过一年的走访，了解了河南的相关情况，尤其是藩王们的土地情况等之后，向朱载坖上疏，请求对藩王们的土地进行赎买，由内承运库支给藩王们一笔银子，将藩王们手中的土地予以收缴，分配给现在耕种的百姓们，同时照朝廷税率起科。
除了朝廷给藩王们的一笔赎买银子之外，藩王按照等级直接由朝廷支付相应土地数目的税银，还有海上贸易股份的分红，也要按照宗室的等级予以分配，保障底层宗室的生计，还有支持宗学等的建设，高拱预计，将藩王们的土地全部收回来之后，可以为朝廷增加一千余万亩的土地，极大的增加朝廷的赋税，缓解土地兼并。
朱载坖于是下诏在河南实行宗藩新政，同时探讨限制优免的事情，再次重申河南的士绅们不准冒滥优免，转嫁赋税，违者朱载坖必置之重典。
而到了隆庆十三年十月，新任首辅张居正终于抵达京师，朱载坖当即赐予酒肉、布匹、锦缎等予以安慰，还特地准张居正假三日，休养调整之后再到内阁视事。
