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在朱载坖的同意之下，大明对于地方提前进行大计，由都察院和户部在内阁的领导下对于大明各地方官府进行大计，在张居正的举荐下，朱载坖下诏以吏部右侍郎王篆、原巡抚四川右副都御史曾省吾主持大计，同时升曾省吾为右都御史。
在张居正的领导之下，对于地方官府的大计在隆庆十三年年末拉开了帷幕，这也使得整个朝廷感受到了这位新上任首辅的手腕，之前李春芳担任首辅，相对温和，即便是遇事也多有寰转的余地，而张居正上任之后，首先就是整顿漕运，随后就是对地方官府展开大计。
在张居正的奏请之下，这次的大计主要针对地方官府的财政收支情况进行监察，朝廷首先要掌握地方官府的基本支出，还有地方官府加耗的情况，才能够针对性的进行财政计划。
同时朱载坖还召见了张居正还有一众有关财政的重臣，还有左都御史海瑞，重点讨论了协济问题，协济原本也是地方留存钱粮的重要用途之一，按照朝廷的定例，留存钱粮的用途就是一为供给本地官吏俸禄、师生廪及振济孤老、款待过境使客的口粮之用；二为供给境内卫所军饷之用；再者便是灾荒之年作为救灾赈济之用。其他用途则每年编造预算一次。扣除掉本地留存的余额用来补本省内或邻境之不足。剩下的盈余则入本地仓库，以备赈灾之用。
因为地方有贫富之分，所以之前在征收本色的时代，由于大量的本色转运不便，所以朝廷为了减少损耗，都是由相邻的省份进行协济的，现在要进行折色，朱载坖认为就应当由户部进行统一的规划，同时在进行预算的时候，就要考虑到各地的贫富差异，对于北方，朝廷要多补贴，支持北方进行大规模的水利建设和仓储建设，而东南本身就相对富庶，为了防止东南的地方官府为了减少起运而编列大量的工程，户部、工部在审核的时候要予以严厉控制，不准滥兴工程，浪费民力。
朱载坖说道：“朕惟水旱不时，缓急无所恃，命思义令天下立预备仓，以防水旱。思义首邦
计以农桑积贮为急，凡所兴设，是为当今之要务也。”
朱载坖认为现在最重要的事情就是建立各种仓储设施，把从荒政建立起来，其次就是各种水利设施和道路的兴建，其他事情，都可以向后放一放，还最重要的一地就是在确定加耗的时候，一定要有利于百姓，严格限制加耗的征敛，要在现有基础上予以减少，减轻百姓的负担。
对于大计中发现的有贪墨行为的官员，要立即指名参劾，严惩不怠，在张居正的领导下，开始对于全国各布政使司、府州县予以大计，同时参劾一些苛待百姓，中饱私囊的官员。
而到了隆庆十四年，天下最关心的一件事情就是漕运的改革问题，按照朱载坖在隆庆十三年发布的诏书，隆庆十四年是第一年实行河海兼运的年份，今年运河漕粮二百万石，海运漕粮六百万石，不过今年还要起运隆庆十三年的秋粮，这也是一笔不小的钱粮，所以朱载坖专门下诏给总督漕运劳堪和巡视漕运右都御史卫尉寺卿张学颜，要求他们务必要严密组织，保证东南的起运秋粮和漕粮安全抵达京师。
