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这下天下的臣子们只要不瞎不傻，也都明白了朱载坖的意思，朱载坖也明摆着要对这些东南豪强们动手了，朱载坖的上谕抵达南京的当日，领受上谕的钦差浙直观察使严世蕃当即来到南京中军都督府守备官厅，命令南京守备、靖逆将军丰城侯李儒擂鼓聚将。
严世蕃当即出示了朱载坖赐予的令箭符节，由都督府断事官查验无误之后，严世蕃命令李儒调动浙直两省的官军，接管各府州县城防，在锦衣亲军的带领下抓捕各处的人犯，同时抄没其家产，然后命令浙直两省水师以及操江水师暂时中断长江和各处江防要道的航运，除了和朝廷联系的驿船之外，其他所有传旨不得通行。
随后严世蕃以钦差浙直观察使的名义行文浙直总督杨继盛、南直隶巡抚蔡国熙和浙江巡抚、漕运总督、漕运总兵等官员，以王命旗牌命令他们调动驻扎于浙直的卫所官军和巡检司，于各处交通要道设卡，不准放跑一名人犯，同时各地方官府会同锦衣亲军查抄人犯家产，等待朝廷接收。
随后严世蕃就向朝廷奏明，天妃闸覆船与徐州水次仓失火两岸，均系东南地方豪强盗卖漕粮之后，为了防止事情败露，而勾结漕帮、以及漕运、仓场贪官污吏们一起制造的惊天大案，同时幸赖朱载坖天威，在钦差观察使严世蕃的指挥下，劳堪、张学颜、刘守有等诸臣用命，将彼等奸谋揭发。
严世蕃向朱载坖上疏陈奏东南豪强盗卖漕粮、擅自加耗，荼毒百姓、利用漕船夹带货物，逃避朝廷税收、与漕帮、盐政漕运官吏勾结，贩卖私盐、私藏军器，豢养家丁私兵、暗结匪类，阴图不轨等事，指控这些豪强们犯有奸党、谋逆等大罪六款，小罪十七款，而东南的州县官吏、漕运官吏、盐政官吏也都有与之同谋的，被严世蕃一道参劾，现在各人犯已经就擒，严世蕃奏请朱载坖圣裁此事。
朱载坖揽奏之后当即御批道：“揽奏何其愤恨！其非大明之臣民也！其地非大明之疆域也！彼等谋逆之意，昭然若揭，而东南官员，竟不能发其奸谋，是何道理？朝廷上下，无人知其奸谋乎？彼等既不以大明臣民自居，则朕亦不以彼等为人也！着法司从重拟来详勘，若有上疏渎扰者，与之同罪！”
朱载坖同时再次下达命令，加钦差浙直观察使严世蕃巡视盐政，对于涉案的盐政官吏，也一体缉拿问罪，同时锦衣亲军也将此案的详细经过以及相关口供、证据呈递京师，朱载坖命令下三法司严审。
