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朱载坖和法司官员们的看法明显不一致，法司官员们是根据这些人犯的口供认为他们主观上没有谋逆的意图，故而认定他们不构成谋逆大罪，但是朱载坖认为，虽然他们主观上也许并没有谋逆的心思，但是他们把持乡里，盗卖漕粮，私藏军器，同时与漕帮这样既有卫所军户背景又是江湖帮派社团的团伙向勾结，其行为已经对大明朝廷构成了威胁，所以必须以谋逆论处。
同时对于他们的量刑问题，法司从斩立决、绞立决、斩监候、绞监候到流、徒等刑拟定了详细的判罚，不过朱载坖认为这样的判罚太过于复杂了，而且对于涉案官吏的惩处不够严厉，朱载坖召集内阁和部院大臣们商量之后，决定对于这些涉案人员予以分门别类的处理。
第一类，涉案的豪强士绅们，首先一律抄没家产，三族流放缅甸或河套，对于直接参与制造天妃闸覆船案和徐州水次仓失火案的，一律斩立决，在地方有欺男霸女，兼并土地，民愤极大的，也一律斩立决。
第二类，就是涉案的官吏，涉案的官吏分为两部分，第一部分就是直接参与两案或者说帮助这些豪强们毁灭证据的官吏，不问情节，不分轻重，一律斩立决，端朱家的碗，砸朱家的锅，这种人是绝对不能容忍的，不仅要斩立决，抄没家产，还要将三族流放缅甸、哈密等处，第二部分是平时接受这些豪强贿赂，为他们盗卖漕粮、贩运私盐等大开方便之门的官吏，依照其受贿或者给朝廷造成的损失，按律严惩，同时将其中情节严重者妻子流放缅甸、哈密，情节一般者，举家流放大宁、辽东、河套等处。
第三类就是漕帮的这些所谓好老、头目，对于他们朱载坖可就没有这么客气了，官员们也认为应当予以严惩，首先是朝廷正式下达命令，将漕帮列入逆党之列，与白莲教享受一样的待遇，严令地方官府和锦衣亲军打击漕帮，对于其中的头目和骨干分子，一律予以正法，积极参与的，举家流放缅甸，同时以诏令的形式重申不准擅结帮会，以武犯禁，违者弊严惩不贷。
经三法司上奏，朱载坖御批之后的处理办法以急递的形式送达钦差浙直观察使严世蕃的手中，严世蕃也立即行动起来，该杀的杀，该流放的予以流放。
同时太子朱翊釴上奏，认为朝廷在此案中抄没的大量的土地，与其如没为官田，收一些田租，不如将这些土地出售给无地的百姓和佃户，变无地之流民为有产之良民，扩大朝廷的税源，朱翊釴的上疏得到了内阁和部院的支持，朱载坖随即下诏，责成太子朱翊釴负责办理此事，会同少府监、户部、东南地方官府等一起办理，务必使百姓得到实惠。
