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自那之后，骑士团领地改为普鲁士公国，当时的大团长阿尔布雷希特自任普鲁士公爵，成为一个著名的选帝侯。
但是，条顿骑士团作为一个组织仍然存在。
切越发的强大。
这两个骑士团，一个复古，一个信奉新教，可是，不论是医院骑士团，还是条顿骑士团，他们在欧洲的影响力依旧不容小觑。
正因为他们身上浓重的宗教色彩，才让笛卡尔先生准备将这让两支骑士团作为欧洲新学科可以依靠的武装力量。
继而组建一个全新的大学，一个如同汤若望告知的玉山大学一样的全学科加上研究机构的教研一体的新式大学。
有了这两支骑士团的保护，新学科不论是在天主教，还是在新教中都会有重要的地位。
汤若望从东方带来的消息没有让教皇，以及那些国王们产生足够的警惕之心，可是，笛卡尔先生却从玉山书院的构架中，看到了一个新的教学以及研究方向。
整个欧洲，没有任何一所大学可以与庞大的玉山书院相媲美。
这在不知不觉中，让本来苟活于世的笛卡尔先生突然萌发了再努力一回的决心，他觉得自己应该给小笛卡尔跟小艾米丽留下一份弥足珍贵的遗产。
