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为了能够击败特工，尼奥进行了特训，在一系列观赏效果极佳的训练场面过去后，尼奥仍旧打不过特工，尤其是特工首领，史密斯。
剧情的转机来自女主角崔妮蒂的吻和表白，在一段优美的感情戏后，尼奥忽然开了挂。
母体中的世界在他眼中变成了数据流，他就像一个程序的管理员一样洞悉这个程序的所有数据，且能依此提前预知特工们的下一步行动，并在这种情况下不费吹灰之力地杀死了史密斯特工。
非常漂亮的故事，非常惊人的构思。
可“爱拯救一切”的逻辑让一切变得平庸——不是说这个故事本身平庸，而是“爱”在这里表现得太模式化了，太标准了，以至于显得十分虚假。
好在打斗十分精彩，而且故事显然还有很长一段后续，克莱尔稍微降低了一点期待值，继续看了下去。
接下来的剧情开始向现实世界倾斜，在尼奥杀死了史密斯后，反抗军在现实中的根据地，锡安，受到了母体所派来的军队的打击。
为了赢得战争，尼奥在先知的指引下，决心去寻找母体的主机。
他在主机室里见到了“程序架构师”。
尼奥问他：“我为什么来到这里？”
