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“你的生命是母体编程过程中一个内在不平衡等式的余数之和。你是一个变异的总数。我用尽了一切办法也不能消除余数，以达到数学上所特有的精准与和谐。”程序架构师回答。
大厅中响起一阵骚动，这段对话实在是太艰涩和难以理解了，就连克莱尔都只能半懂不懂地理解到一点点。
母体是一个程序，这个程序是为了让人类安稳地生活在其中而诞生的，它并没有逻辑上的完全自洽——程序架构师能做到这一点，可人类却无法接受一个逻辑自洽的世界，人类这种生物只能在混乱的世界里才能生存。
所以程序架构师只好设计一个带有漏洞的“母体”给人类。
而尼奥，就是这个程序中的漏洞的总和。
他被先知指引着来到程序架构师面前，而被毁灭以重塑母体世界，就是他诞生的理由。
从这里开始，电影的走向变得难以理解起来。
程序架构师给了尼奥两个选择，融入母体以拯救人类，或是放弃融入，放弃这么久以来的坚持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奥选择了后者。
其实这一部分的感情戏依然显得非常生硬，简直是“为了爱而爱”。
